Une fois les contours du désordre définis, on s'attacha ensuite à ses causes. La conséquence d’un conflit familial ou d’un déficit affectif a été historiquement la première hypothèse formulée comme étant une cause à cette maladie. Selon cette tendance, l’autisme s’expliquerait surtout par l’attitude glaciale ou les comportements trop rigides de la mère. L’absence d’amour de la mère serait à l’origine de cette mystérieuse infection chez l’enfant. Toute une génération de parents, les mères en particulier, se virent infliger la douleur inutile de se croire coupable de l’autisme de leurs enfants. Cette tendance ne s’inversa que dans les années soixante, à partir du moment où l’étiologie organique de cette infection commença à être pleinement acceptée.
Aujourd'hui, même si aucun consensus n'existe quant à la nature exacte des causes de l'autisme, plusieurs penchent désormais pour une explication d'origine organique.
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